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torabisu me marcando em ótimos tópicos hahaha
Pessoalmente, prefiro HxH. Eis os motivos:
O Togashi parece ter uma maior liberdade pra dar atenção a qualquer personagem que ele queira. No YYH, o Yusuke sempre foi o foco principal, com exceção da última saga que mostrou um pouco do Hiei e Kurama. Já no HxH, apesar da maioria das aventuras ser protagonizada por Gon e Killua, em diversos momentos temos o desenvolvimento de personagens importantes que deixam os dois de lado. Por exemplo, Kurapika, Genei Ryodan, a guarda real e o Rei, etc...
Segundo, as lutas e situações são mais boladas. Toda aquela trama do leilão e captura do Kuroro, todo o sistema de como zerar o Greed Island e como evitar o grupo do Boomer levar a melhor, aquela invasão no castelo do rei... Não tem nada assim em YYH.
YYH é mais focado nas lutas em si, e se destaca exatamente nisso. Já HxH tem um lado mais aventura, além de você ver, mesmo que bem devagar, um certo amadurecimento no Gon e no Killua.
edit: Também esqueci de dizer que sou fanboy de HxH até morrer, então é claro que o gosto pessoal afeta em muito na minha opinião. Sabem como é, meu mangá/anime favorito...