Eu concordo com seu texto Ciao. O Kyuubey não é maléfico, apenas um ser completamente racional. Para tentar salvar o universo ele faz o trabalho que é dado a ele que é criar a energia negativa transformando meninas mágicas em bruxas. Ele é tão racional que nunca mente no anime, apenas oculta algumas informações, sabendo que aquilo criaria desconfianças. Mas para mentir é necessário ter algum sentimento que te leve a isso, algo que ele não tem.
Uma das coisas que fez Madoka ser tão bom foi o contraste. De um lado Kyuubey, um ser puramente racional. De outro temos a Madoka, que pensa sempre do lado humano.
To terminando de ler o mangá de Madoka (meio tarde para isso, tinha o mangá baixado aqui a um tempão já) e fiquei meio decepcionado com as alterações. O desenhista fez questão de dar aquele ar "dark" de antagonista para o Kyuubey, o que quebra aquela ideia de que ele é apenas um ser sem emoções pensando o melhor para o bem do universo. Agora sim eu to achando ele um grande filha da puta, o que vai contra a ideia original.
Spoiler:
Fora isso é uma boa adaptação, a história continua a mesma, sem grandes adições ou remoções (tem algumas piadas extras que não funcionariam no tom mais sério do anime), serviu para relembrar a história.