Dica 1 : não pegue Capsule Hotels se for ficar mais de 1 dia no lugar, porque na maioria das vezes eles te deslocam de capsula dia-a-dia.
Dica 2 : Tente viajar por empresas que usam Europa ou Ásia como rota (Etihad é a mais barata de todas, por sinal). Se for pelos EUA, vc vai ter que tirar visto mesmo se não querer sair do Aeroporto e isso custa um valor a mais.
Dica 3 : Yoshinoya > Sukiya, pelo menos pra mim. Comer com 280 yen (6 reais) vale muito a pena quando você quer economizar. Ah, se quiser um pouco mais de luxo, procure os "sushi de esteira", já que uma dupla sai por 120 yen.
Dica 4 : Não saia pra beber fora, é uma bica e vai te ferrar, opinião de quem fez isso lol
Ah, custo.
Eu fiquei em Tokyo por 8 dias (+ 1 em Dubai) e saiu tudo 8 mil reais, incluindo compras e passagens.
Calcule, de forma baixa, que você vai gastar por dia comendo uns 1500 yen (Primavera e Outono - não vá no verão de FORMA ALGUMA, eu fui, passei um calor absurdo e ia brincando uns 1500 yen extras em máquinas de bebida por dia por causa disso.). Pra você ter uma noção, com 1500 yen você consegue comprar 2 a 3 Gunplas numa Yodobashi da vida ou pelo menos uns 3 mangás.
Não use táxi se possível (ou melhor, não use, salvo do aeroporto pro hotel e na volta). De Haneda para o meu hotel em Ueno foi 200 reais de táxi, e eu não tive escolha porque desci do vôo 1h30 da matina...então ou esperava até as 5 pra pegar trem (com 2 malas junto pra ajudar) ou ia de táxi. Sendo assim, tente ver como funciona o sistema de trem/metrô da cidade que faz você economizar muita grana com o tempo.
Aliás, o hotel que eu fiquei é esse, e eu recomendo sem dúvida alguma. É perfeito pra mochileiros, tem uma estação de metrô a 2 minutos a pé do hotel, Sukiya/Mc Donald's/Yoshinoya na mesma distância e uma Family Mart próxima. Os caras do staff falam pouco inglês, mas é mais do que na maioria dos lugares que eu vi...e a diária custou só 75-90 reais/dia :
http://hotelink.co.jp/english/tsukuba/